تناول مركز المسبار في كتابه التسعين لشهر يونيو (حزيران) 2014 حكم الإخوان المسلمين في مصر. تمحورت الدراسات حول أبرز
العوامل التي أسقطت نظام «المرشد» وعجلت بانهياره، وكشفت عن مساوئ الإسلام السياسي المصري في إدارة الدولة. لم تقتصر الأبحاث على تبيان الأخطاء السياسية والاقتصادية التي كادت أن تدفع مصر إلى حافة الهاوية في فترة زمنية لا تتخطى السنة الواحدة من وصول محمد مرسي إلى سدة الرئاسة، بل رصدت «جذور التمكين» وتغوله في «أخونة» المؤسسات الرسمية، وقامت بتشريح المغالطات في السياسة الخارجية المصرية وطرحت بعض السيناريوهات المتوقعة خلال فترة الحكم الجديدة بعد ثورة 30 يونيو (حزيران).
درس الباحث المصري أحمد بان في دراسته التي جاءت تحت عنوان: «الإخوان المسلمون: اغتيال حلم الخلافة»، أهم الأسباب المؤدية إلى فشل الإخوان المسلمين في الحكم، والمتمثلة في: أولاً: إقصاء القوى السياسية عن المشاركة في إدارة البلاد، والاكتفاء بأعضاء الجماعة وحزبها (الحرية والعدالة). ثانياً: اختزال صناعة القرار في مؤسسة الرئاسة بتعيين هيئة استشارية عكست تمدد القرار من مقر الجماعة في المقطم إلى قصر الاتحادية. ثالثاً: الأداء المربك لرئاسة الجمهورية والتردد السياسي وإصدار القرارات والتراجع عنها. وتحدث العضو السابق في جماعة الإخوان عن مستويين من الفشل عند الجماعة: سياسي وأخلاقي، متسائلاً: هل كان لحركة الإخوان مشروع من القيم السياسية كما تدعي أم هو مجرد طرح سياسي عمل على توظيف الدين بهدف الوصول إلى السلطة؟ في ختام الدراسة تحدث بان عن عزلة الجماعة التي أدت إلى قطيعتها مع المجتمع، فحرصت القيادة القطبية التي تشربت تلك الأفكار على المضي بمسارها نحو حكم مصر لتنعكس بوضوح على سلوكها السياسي.